O surgimento da primeira ferrovia genuinamente araraquarense foi em função do decreto nº 310 do Presidente do Estado Sr. Bernardino de Campos e datado de 17 de setembro de 1895.

Tal licença foi concedida nos moldes da lei que regulamentava a criação de novas estradas de ferro a partir de 13 de junho de 1892, que determinou que qualquer ferrovia deveria ser criada sem contar com garantia de juros por parte do governo. A EFA foi a primeira ferrovia criada nestes moldes.

O projeto previa a construção de uma linha que sairia de Araraquara e seguiria até a Vila de Ribeirãozinho (hoje Taquaritinga) e quem conquistou o direito para as obras foram as firmas Guilherme Lebeis e a Casa Bancária Lara, Magalhães & Foz.

A primeira diretoria era formada pelos Srs. Carlos Baptista de Magalhães (fazendeiro e representante do partido republicano), - presidente, Antonio Lourenço Côrrea e Dr. Antonio Joaquim de Carvalho - diretores.

O capital foi formado por 10.000 ações que totalizavam 2.000:000$000 divididos em ações de 200$000 cada. Existiam 182 acionistas.

Os maiores acionistas eram justamente o presidente Carlos Baptista de Magalhães com 500 ações e o Sr. João Barbosa Borba também com 500 ações.

Foi contratado o Engenheiro Dr. Antonio Manoel Bueno de Andrada para executar as obras (3 de junho de 1896) por um custo de 1.000$000 por quilometro. Para o cargo de engenheiro chefe da recém criada ferrovia foi contratado o Engenheiro Manoel Antonio da Silva Reis.

Fato curioso que a primeira sede da companhia não ficava em Araraquara pois o surto de febre amarela estava tão forte no interior que era mais prudente que a sede fosse fixada em São Paulo.

Os trabalhos foram iniciados em 9 de novembro de 1896.

A empresa, neste momento, começa a ter dificuldades para importar material pois a baixa do câmbio tornava o capital insuficiente para as aquisições. Em função disto , em 1897 foram feitas 3 chamadas de capital no valor de 10% cada e nem todos acionistas atenderam tal chamada criando dificuldades que iriam se refletir no futuro.

Apesar destas dificuldades iniciais, foram recebidos em 1897 os primeiros materiais para a estrada compostos de 1 locomotiva Baldwin, 1 carro de passageiros de primeira classe, 1 carro de 2ª. classe, 1 carro bagagem, 5 vagões fechados, 4 gôndolas sobre trucks, 4 gôndolas sobre 4 rodas para lastro, 4 trolys para serviço e 4 trolys para movimento de terra. Também foi recebido todo o material de telégrafo.

Nesta ocasião o Sr. Carlos Baptista Magalhães ainda era o principal acionista com 600 ações seguido pelo Sr. João Borba que ainda possuía 500 ações.

As primeiras inaugurações se deram em 1º de outubro de 1898 com a abertura das estações de Araraquara Km 0,00 , Cruzes Km 14,00 (hoje Cesário Bastos), Itaquerê Km 26,00 (hoje Bueno de Andrade), e atingem em de março de 1899 Capela Km 42,00 (hoje Matão).

Como o capital solicitado no ano anterior não havia sido suficiente, a diretoria achou por bem fazer mais duas chamadas de 10% cada, pois a dívida dos acionistas para com a estrada já atingia a cifra de 44:869$752. Por causa disto foi necessária a contratação de um empréstimo junto a empresa que forneceu o material rodante, a Companhia Edificadora do Rio de Janeiro.

A quantia tomada junto a empresa Companhia Edificadora do Rio de Janeiro foi de 500 contos de réis pelo prazo de 5 anos com juros de 10% ao ano com a garantia de todos os bens da estrada através de hipoteca.

Com os recursos levantados através deste empréstimo foi possível a compra de mais 2 locomotivas Baldwin tipo "Mogul", 2 carros de passageiros, 10 vagões fechados e 5 gôndolas, além de material suficiente para a montagem da oficina. Foram trocados 4.015 dormentes neste período. O que demonstra a duvidável qualidade do material empregado, uma vez que a linha ainda era muito nova.

Em 2 de abril de 1903. foram inauguradas novas estações Dobrada Km 54, Santa Ernestina Km 64, e , depois, em 7 de dezembro de mesmo ano Poço Fundo Km 72 e Ribeirãozinbo  Km 83.

Estes prolongamentos só foram possíveis de se realizarem pois o governo pagou a companhia 365:000$000 em subvenções.

O atraso das obrigações dos acionistas continuava a criar os mais diversos problemas financeiros para a estrada e foi decidido que seria através de ação judicial que a questão seria resolvida, uma vez que a Companhia Edificadora do Rio de Janeiro se comprometeu a ficar com as ações disponíveis após o resultado da ação judicial.

Neste momento a situação financeira era muito grave pois também havia um débito de 107:473$808 junto a Casa Bancaria Lara, Magalhães Foz que representava quase 50% da receita do exercício de 1899.

A companhia Edificadora do Rio de Janeiro cumpriu integralmente o que havia sido combinado e adquire as ações que ficaram disponíveis após a demanda judicial e assim se tornou a maior acionista da estrada com 2.183 ações de um total de 10.000 que compunham o capital.

Foi encomendada uma nova locomotiva para se juntar a frota de 3 já existentes e nesta época também foram colocados sistemas de freio a ar nos carros e vagões.

Assumiu por esta época o novo engenheiro chefe Dr. Luiz Eugênio Plazolles.

A Cia. Paulista de Estrada de Ferro sempre colaborou com o desenvolvimento da EFA e em 1901 alugou uma locomotiva tipo "American" para melhorar a frota já existente e que também seria complementada pela encomenda de mais 25 vagões, 2 carros de passageiros, 1 carro bagagem e mais uma locomotiva. São notados nos relatórios agradecimentos a pessoa do Eng. Francisco Paes Leme de Monlevade Inspetor Geral da Cia. Paulista.

A EFA e a Paulista apesar do bom relacionamento não deixavam de ser rivais no campo das tarifas e este fato levou a EFA a ter um prejuízo de mais de 100 contos pois o café de Monte Alto e de Ribeirãozinho foi transportado pela Paulista que apresentava fretes mais baratos.